Un buio Cunicolo, collega la chiesa alla cripta di San Giovanni in Monterrone. Le chiese non erano originariamente comunicanti ma divise da un sottile tramezzo di tufo. Questo stretto passaggio è arricchito da pregevoli affreschi che, unitamente a quelli presenti nella cripta, coprono un arco temporale dal XII al XVIII secolo. Sulla parete sinistra un Cristo Pantocratore, cioè Governatore o Signore del Mondo, del XII sec, benedicente alla latina e sorreggente un Vangelo aperto nel quale è iscritto un testo greco. Sul bordo esterno della lunetta l’iscrizione latina: Mundi Salvator Simil et Sum Lucis Amator.
Una armonica fusione dell’elemento bizantino e latino. In alto, troviamo su di un arco mozzato, un Santo Monaco sulla cui identità vi sono perplessità tra gli studiosi. L’affresco è stato datato XIII secolo.
Di fronte San Nicola, vescovo di Mira in Turchia, le cui ossa furono trafugate e portate a Bari, dove sono custodite nella cattedrale, dove il santo è patrono della città e particolarmente venerato. L’affresco è datato XIV secolo.
Uscendo dal cunicolo ci troviamo nella Cripta della chiesa, utilizzata prima come Battistero e successivamente come luogo di sepoltura, ricca di interessantissimi affreschi: nella rientranza di fronte, a sinistra, una Annunciazione del XIII secolo, di fronte ad essa, inscritti nella tipica cornice ad arco,un San Giacomo minore, seconda metà del XIII secolo, apostolo molto venerato dalle comunità cristiane, chiamato anche ‘fratello del signore’ perché, probabilmente, cugino di Gesù. Ebbe il privilegio di una apparizione speciale del Cristo risorto avendo preso impegno con se stesso di non mangiare fino al momento in cui avrebbe rivisto il Cristo resuscitato. E’ considerato il primo vescovo di Gerusalemme e morì martire per ordine del Sommo Sacerdote del tempio ebraico di Gerusalemme, Anano II, ed, a fianco un San Pietro anch’esso databile intorno alla metà del XIII secolo, attribuiti entrambi al maestro della Bruna. Sono ancora visibili sugli affreschi, a destra in basso, stella di Davide, ed a sinistra un particolare crocifisso, simboli graffiti che lasciavano i pellegrini di ritorno dalla Terra Santa, che sembra facessero qui tappa obbligata. A Destra, svoltando l’angolo, Santi Gerolamo ed Apollonia.Segue poi un palinsesto con la raffigurazione della Madonna Odigitria (indicante la via, cioè il Bambino) secondo alcuni studiosi e Sant’Andrea per altri. I palinsesti sono abbastanza diffusi nell’ambito delle chiese rupestri del materano, si tratta di sovrapposizione di affreschi fatti in epoche diverse, il più delle volte determinanti dagli ammodernamenti e ristrutturazioni delle chiese. Gli affreschi più vecchi venivano martellati per farvi aderire il nuovo affresco ma in questo caso, probabilmente per eccesso di devozione, questo lavoro non fu effettuato sul volto del santo e così proprio in quel punto il nuovo affresco non ha aderito, cadendo,e mostra il volto del Santo ignoto dell’antico affresco sottostante.
Sulla parete opposta, l’ affresco più recente della chiesa raffigura il Cristo e Sant’Agnese, martire cristiana, vergine romana, vittima della persecuzione dell’imperatore Decio. Essa subì il martirio giovanissima, a circa 12 anni, ed è ricordata come esempio di coraggio e di purezza. E’ la protettrice delle fanciulle vergini. Per altri quest’ultimo soggetto raffigura invece San Giovanni, dai delicati lineamenti in quanto anch’egli fu ucciso in giovane età. Un affresco del XVI secolo al quale segue la Vergine con il nome del committente.