La Chiesa di Madonna delle Virtù fa parte di un vasto complesso monastico risalente all’anno 1000 e presenta una peculiarità: pur essendo una basilica in piena regola, con tutti gli spazi architettonici ben definiti, è interamente scavata nella calcarenite. Presenta una pianta basilicale a tre navate scandite da grandi pilastri che sorreggono volte a schiena d’asino nelle quali è scolpito ad altorilievo addirittura un matroneo con due ordini di archetti sovrapposti e colonnine tortili. Gli absidi delle navate sono semicircolari, mentre la volta in corrispondenza forma una vera e propria cupola con una croce greca inscritta a rilievo.
Attualmente si entra da una navata laterale in quanto la originaria pianta della chiesa è stata stravolta dalla costruzione della strada di ricongiungimento dei Sassi nel 1934, per la costruzione della quale fu quale fu dimezzata la navata sinistra e fu eliminato il passaggio che conduceva nella sovrastante cripta di san Nicola dei Greci. Gli affreschi di questa chiesa sono in cattivo stato di conservazione, tuttavia possiamo riconoscere nell’abside centrale una crocifissione settecentesca (Crocifissione con la Vergine e San Giovanni), probabilmente originariamente di buona fattura a giudicare dai panneggi delle vesti e dalla composizione equilibrata, mentre nell’inizio della navata destra c’è un’altra Crocifissione tre-quattrocentesca di aspetto tardogotico .
A metà della navata destra c’è l’entrata di una rozza camera quadrangolare che fu utilizzata come cava di tufo in cui si nota bene la tecnica di scavo antica nella calcarenite. Nella chiesa trovarono asilo le monache penitenti di S. Maria di Accon portate a Matera nel 1198 dall’arcivescovo Andrea, pare per rinfocolare la fede dei cittadini; nella seconde metà del 13esimo secolo le monache si trasferirono nel monastero di Santa Maria ai foggiali, l’attuale San Giovanni Battista, ma conservarono il complesso monastico come ricovero per i pellegrini. Nel 1674 il luogo fu aperto al culto alla popolazione e fu modificato l’interno: furono rimossi due dei sei pilastri originari e fu aperto l’ingresso attuale. Attualmente questa chiesa, insieme al sovrastante complesso di San Nicola dei Greci è sede di un prestigioso spazio espositivo che durante l’estate ospita delle importanti rassegne di arte contemporanea.